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SIFR Annotator: Ontology-Based Semantic Annotation of French Biomedical Text and Clinical Notes
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In: ISSN: 1471-2105 ; BMC Bioinformatics ; https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01934127 ; BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2018, 19 (1), pp.405-431. ⟨10.1186/s12859-018-2429-2⟩ (2018)
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Réconciliation d'alignements multilingues dans BioPortal
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In: 27es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances ; IC: Ingénierie des Connaissances ; https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01395900 ; IC: Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France ; https://ic2016.sciencesconf.org/ (2016)
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Abstract:
International audience ; De nos jours, les ontologies sont souvent développées de manière multilingue. Cependant, pour des raisons historiques, dans le domaine biomédical, de nombreuses ontologies ou terminologies ont été traduites d'une langue à une autre ou sont maintenues explicitement dans chaque langue. Cela génère deux ontologies potentiellement alignées mais avec leurs propres spécificités (format, développeurs, versions, etc.). Souvent, il n'existe pas de représentation formelle des liens de traduction reliant les ontologies traduites aux originales et ils ne sont pas accessibles sous forme de linked data. Cependant, ces liens sont très importants pour l'interopérabilité et l'intégration de données biomédicales multilingues. Dans cet article, nous présentons les résultats d'une étude de réconciliation des liens de traduction entre ontologies sous forme d'alignements multilingues. Nous avons réconcilié et représenté à l'aide de vocabulaire du web sémantique, plus de 228K mappings entre dix ontologies anglaises hébergées sur le NCBO BioPortal et leurs traductions françaises. Ensuite, nous avons stocké à la fois les ontologies et les mappings sur une version française de la plate-forme, appelée SIFR BioPortal, pour rendre le tout disponible en RDF (données liées). La réconciliation des alignements s'est avérée plus complexe que ce qu'on pourrait penser car les traductions ne sont que rarement l'exacte copie des originales comme nous le discutons. Mots-clés : Mappings ou alignements multilingues, réconciliations de mappings, web sémantique, données liées, alignement d'ontologies, entrepôt d'ontologies, ontologies biomédicales, BioPortal, interopérabilité et intégration de données, diffusion de données et de connaissances.
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Keyword:
[INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]; [INFO.INFO-DB]Computer Science [cs]/Databases [cs.DB]; [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web; Alignement d’ontologies; BioPortal; Diffusion de données et de connaissances; Données liées; Entrepôt d’ontologies; Interopérabilité et intégration de données; Mappings ou alignements multilingues; Ontologies biomédicales; Réconciliations de mappings; Web sémantique
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URL: https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01395900/file/IC2016_paper_18ReconciliationMultilingue_1.pdf
https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01395900/document
https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01395900
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Multilingual Mapping Reconciliation between English-French Biomedical Ontologies
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In: 6th International Conference on Web Intelligence, Mining and Semantics ; WIMS: Web Intelligence, Mining and Semantics ; https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01395880 ; WIMS: Web Intelligence, Mining and Semantics, Jun 2016, Nîmes, France. ⟨10.1145/2912845.2912847⟩ ; http://wims2016.mines-ales.fr/ (2016)
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Roadmap for a multilingual BioPortal
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In: 4th Workshop on the Multilingual Semantic Web ; MSW: Multilingual Semantic Web ; https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01172218 ; MSW: Multilingual Semantic Web, Jun 2015, Portoroz, Slovenia (2015)
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