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English (2021) Abstract: Hospital clinical documents are rich sources of information for various applications such as patient recruitment for clinical research, epidemiological surveillance, medical coding, and decision support tools. However, being primarily written in natural language, these documents are not easily amenable to large-scale computer processing and must first be structured. We aim to extract entities mentioned in these documents, whether simple or structured, i.e., containing several labels or parts, and normalize them with concept bases. We contribute to several natural language processing (NLP) tasks, namely named entity recognition (NER), medical entity normalization, and structured entity extraction. In particular, we investigate training deep learning models in low data settings, for languages other than English and in the clinical domain. We structure our approach in three steps: tag, normalize, and compose. We first propose two methods to tag simple entities, especially when they overlap in texts. We then develop a large-scale multilingual model to normalize them in several languages. Finally, to compose simple entities into structured entities, we propose a new method based on mention cliques and scope relations. We evaluate it to a new annotated dataset of breast imaging reports. ; Les documents cliniques hospitaliers constituent de riches sources d'information pour diverses applications telles que le recrutement de patients pour la recherche clinique, la surveillance épidémiologique, le codage médical et les outils d'aide à la décision. Cependant, étant essentiellement rédigés en langue naturelle, ces documents ne se prêtent pas aisément à des traitements informatiques à grande échelle et doivent d'abord être structurés.Nous visons à extraire les entités mentionnées dans ces documents, qu'elles soient simples ou structurées, c'est-à-dire contenant plusieurs étiquettes ou parties, et à les normaliser selon des bases de concepts. Nous contribuons à plusieurs tâches de traitement du langage naturel (TAL), à savoir la reconnaissance des entités nommées, la normalisation des entités médicales et l'extraction d'entités structurées. Nous nous intéressons notamment à l'entraînement de modèles par apprentissage profond (deep learning) dans des conditions de données limitées, pour des langues autres que l'anglais et dans le domaine clinique. Nous structurons notre approche en trois étapes : surligner, normaliser et composer. Nous proposons d'abord plusieurs méthodes pour surligner des entités simples, notamment lorsqu'elles se chevauchent dans les textes. Nous développons ensuite une approche multilingue à grande échelle pour les normaliser dans plusieurs langues. Enfin, pour composer ces entités simples en entités structurées, nous proposons une nouvelle méthode basée sur les cliques de mentions et les relations de portée. Nous l'évaluons sur un nouveau corpus annoté de comptes rendus cliniques de mammographies. Keyword: [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI]; [INFO.INFO-TT]Computer Science [cs]/Document and Text Processing; [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering; [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie; clinical; clinique; extraction; multilingual; multilingue; nlp; normalisation; normalization; structure; tal URL: https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-03624928/file/updated_phd_thesis_PW.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-03624928 https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-03624928/document BASE Hide details 2 Document Sub-structure in Neural Machine Translation Dobreva, Radina; Zhou, Jie; Bawden, Rachel In: Proceedings of the 12th Language Resources and Evaluation Conference ; 12th Language Resources and Evaluation Conference ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02900568 ; 12th Language Resources and Evaluation Conference, 2020, Marseille, France. pp.3657-3667 (2020) BASE Show details 3 An Evaluation Dataset for Identifying Communicative Functions of Sentences in English Scholarly Papers Iwatsuki, Kenichi; Boudin, Florian; Aizawa, Akiko In: Proceedings of the 12th Conference on Language Resources and Evaluation (LREC 2020) ; 12th Conference on Language Resources and Evaluation (LREC 2020) ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03272825 ; 12th Conference on Language Resources and Evaluation (LREC 2020), May 2020, Marseille, France (2020) BASE Show details 4 Automatic Learning of Document Section Structure for Ontology-based Semantic Search Banisakher, Deya In: FIU Electronic Theses and Dissertations (2020) BASE Show details 5 Types de chaînes de référence dans les articles de recherche de format IMRaD OBERLE, BRUNO In: ISSN: 1963-1723 ; Discours - Revue de linguistique, psycholinguistique et informatique ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02476907 ; Discours - Revue de linguistique, psycholinguistique et informatique, Laboratoire LATTICE, 2019 (2019) BASE Show details 6 Recent Advances in Development of a Lexicon-Grammar of Polish: PolNet 3.0 Vetulani, Zygmunt; Vetulani, Grażyna; Kochanowski, Bartłomiej In: Tenth International Conference on Language Resources and Evaluation (LREC 2016) ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01414304 ; Tenth International Conference on Language Resources and Evaluation (LREC 2016), May 2016, Portorož, Slovenia. pp.2851-2854 ; http://www.lrec-conf.org/proceedings/lrec2016/index.html (2016) BASE Show details 7 Joint Anaphoricity Detection and Coreference Resolution with Constrained Latent Structures Lassalle, Emmanuel; Denis, Pascal In: AAAI Conference on Artificial Intelligence (AAAI 2015) ; https://hal.inria.fr/hal-01205189 ; AAAI Conference on Artificial Intelligence (AAAI 2015), Jan 2015, Austin, Texas, United States (2015) BASE Show details 8 Forbidden Extension Queries Biswas, Sudip; Ganguly, Arnab; Shah, Rahul. - : Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, 2015. : LIPIcs - Leibniz International Proceedings in Informatics. 35th IARCS Annual Conference on Foundations of Software Technology and Theoretical Computer Science (FSTTCS 2015), 2015 BASE Show details 9 Identification of Shell Nouns, Signals of Discourse Organisation ; Identification des noms sous-spécifiés, signaux de l’organisation discursive Roze, Charlotte; Charnois, Thierry; Legallois, Dominique... In: Proceedings of TALN 2014 (Volume 1: Long Papers) ; 21ème conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01076760 ; 21ème conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, Jul 2014, Marseille, France. pp.377-388 ; https://www.aclweb.org/anthology/F14-1033 (2014) BASE Show details 10 Italian Verb-Adverbial Particle Constructions ; Italian Verb-Adverbial Particle Constructions: Predicative structures and patterns of variation Guglielmo, Daniela In: ISSN: 0378-4169 ; EISSN: 1569-9927 ; Lingvisticae Investigationes ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03321487 ; Lingvisticae Investigationes, Philadelphia; Amsterdam: John Benjamins, 2013, 36 (2), pp.229-243. ⟨10.1075/li.36.2.03gug⟩ (2013) BASE Show details 11 Bene : Adverb or noun? Mirto, Ignazio Mauro In: ISSN: 0378-4169 ; EISSN: 1569-9927 ; Lingvisticae Investigationes ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03321497 ; Lingvisticae Investigationes, Philadelphia; Amsterdam: John Benjamins, 2013, 36 (2), pp.298-310. ⟨10.1075/li.36.2.08mir⟩ (2013) BASE Show details 12 Natural Language Generation for Language Learning ; Génération automatique de phrases pour l’apprentissage des langues PEREZ, Laura Haide. - : HAL CCSD, 2013 In: https://hal.inria.fr/tel-01749799 ; Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Lorraine, 2013. English. ⟨NNT : 2013LORR0062⟩ (2013) BASE Show details 13 A semi-automatic approach for building ontologies from a collection of structured web documents Kamel, Mouna; Aussenac-Gilles, Nathalie; Buscaldi, Davide... In: K-CAP '13: Proceedings of the seventh international conference on Knowledge capture ; 7th International Conference on Knowledge Capture (K-CAP 2013) ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01264565 ; 7th International Conference on Knowledge Capture (K-CAP 2013), Jun 2013, Banff, Canada. pp. 139-140 (2013) BASE Show details 14 Emotion verbs in Greek. From Lexicon-Grammar tables to multi-purpose syntactic and semantic lexica Giouli, Voula; Fotopoulou, Aggeliki In: 15th EURALEX International Congress (EURALEX 2012) ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01414381 ; 15th EURALEX International Congress (EURALEX 2012), Aug 2012, Oslo, Norway (2012) BASE Show details 15 Lexique-grammaire des constructions converses en a da/a primi Ciocanea, Cristiana. - : HAL CCSD, 2011. : Éditions universitaires européennes, 2011 In: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00797186 ; Éditions universitaires européennes, pp.216, 2011, 978-613-1-59944-6 (2011) BASE Show details 16 Pour une classification syntaxique des constructions verbales en coréen Kim, So-Yun; Nam, Jee-Sun In: Actes du 27ème Colloque international sur le Lexique et la Grammaire ; Colloque international sur le Lexique et la Grammaire ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00866246 ; Colloque international sur le Lexique et la Grammaire, Sep 2008, L'Aquila, Italie. pp.51-58 (2008) BASE Show details 17 Building a document genre corpus: a profile of the KRYS I corpus V. F. Berninger; Yunhyong Kim; Seamus Ross... In: http://www.bcs.org/upload/pdf/ewic_ir08_s1paper2.pdf (2008) BASE Show details 18 Identifying cross-document relations between sentences Yasunari Miyabe; Hiroya Takamura; Manabu Okumura In: http://www.lr.pi.titech.ac.jp/~miyabe/paper/SIGNL_2005Mar2.pdf (2008) BASE Show details 19 Using Synchronic and Diachronic Relations for Summarizing Multiple Documents Describing Evolving Events Afantenos, Stergos D.; Karkaletsis, V.; Stamatopoulos, P.... In: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00189905 ; 2007 (2007) BASE Show details 20 Analyser les structures prédicatives pour mettre en relation des objets scientifiques Royaute, Jean; Godbert, Elisabeth; Malik, Mahdi Mohamed In: 10e Colloque International sur le Document Electronique ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01194931 ; 10e Colloque International sur le Document Electronique, Jul 2007, Nancy, France (2007) BASE Show details Page: 1 2 3

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